Etapa 1 (Octombrie 2018- Decembrie 2018)
Pe parcursul primei activitati (10.10.2018-21.12.2018) ne-am concentrat asupra primului nostru obiectiv care vizeaza explorarea a noi tinte pentru imunoterapie in cinci noi subtipuri de cancer gastric (CG), definite pe baza unui sistem molecular contemporan de clasificare a bolii. Aceste cinci subtipuri sunt subtipul Gp1 alcatuit din probe Epstein-Barr (EBV) pozitive, subtipul Gp 2 – cu instabilitate ridicata a microsatelitelor (MSI), subtipul Gp 3 – caracterizat prin expresia aberanta a E-cadherinei, subtipul Gp 4 cu un numar mare de mutatii TP53 si subtipul Gp5 – probe TP53 negative.
Ca o prima etapa, am stabilit algoritmul pentru clasificarea esantioanelor de CG bazat pe teste de expresie a ARN si proteinelor: detectarea Epstein-Barr (EBV) prin testul de hibridizare in situ pentru EBER (Epstein-Barr virus (EBV)-encoded small RNAs), statusul de instabilitate a microsatelitelor (MSI) prin PCR urmat de secventire pentru analiza de fragmente, si imunohistochimie (IHC) pentru E-cadherin, p53 si MUC2, CDX2, CD10, MUC5AC, MUC6, HER2.
In faza actuala, am testat expresia EBV in sange (Activitatea 1.1) prin expresia EBNA (antigen nuclear EBV) si am constatat ca 85 dintre esantioanele noastre (69,7%) au fost pozitive si 37 (30,3%) au fost negative. In continuare, am aplicat testarea EBER, care este standardul de referinta pentru detectarea EBV in tesut, asociat cu tumora si am constatat ca doar 24,05% din esantioanele noastre sunt pozitive. Aceste probe au fost incluse in primul subtip (Gp1).
In acelasi timp, am inceput extragerea ADN-ului din probele de tesuturi congelate (Activitatea 1.2), incluse in lotul retrospectiv, pentru a efectua in urmatoarea activitate, in 2019, analiza statusului MSI care ne va ajuta la stratificarea probelor in subtipul 2 (Gp2). O alta activitate, initiata, a fost legata de analiza unui panou reprezentativ de biomarkeri tisulari prin IHC: E-caderina, p53, MUC2, CDX2, CD10, MUC5AC, MUC6 si HER2, care va ajuta la stabilirea celorlalte trei subtipuri de CG.
Intre timp, am inceput extractia ARN total (Activitatea 1.3), din lotul retrospectiv, care va fi utilizat in investigarea profilului transcriptomic in toate cele cinci subtipuri de cancer gastric pentru a indeplini primul nostru obiectiv: explorarea tintelor pentru imunoterapie pe fiecare dintre cinci subtipuri moleculare de CG.